Quizás la mayoría de ustedes no hayan tenido este problema, pero en el servidor web de mi trabajo, tenía una elevada carga (60/70%) de cpu al proceso mysqld. No es un sitio con tráfico elevado (unas 300 visitas diarias), y tiene ram y disco suficiente para aguantar eso y más, y muchas veces esta carga elevada, ralentizaba la carga de la página web.

Resulta que el problema estaba en la falta de optimización periódica de las tablas. Para solucionar esto, ejecutamos el siguiente comando:

mysqlcheck -u usuario_mysql -p --auto-repair --check --optimize --all-databases

Y listo! asunto arreglado. El proceso mysqld volvió a la normalidad, y el servidor volvió a ser el de antes